-
土壤微生物檢測對土壤微生物進行研究的方法
發(fā)布時間: 2016-11-25 點擊次數(shù): 2188次在陸地生態(tài)系統(tǒng)中,在土壤微生物檢測土壤中生活有數(shù)量龐大的微生物種群,包括原核微生物如細菌、藍細菌、放線菌及超顯微結(jié)構(gòu)微生物, 以及真核生物如真菌、藻類( 藍藻除外) 、地衣等。它們與植物和動物有著明確的分工,主要扮演“分解者”的角色,幾乎參與土壤中一切生物和生物化學反應。由于土壤微生物的復雜性、土壤本身的多變性和研究方法不完善等原因的限制, 以往人們對土壤微生物多樣性的研究與動、植物相比遠遠落后。隨著多聚酶鏈反應(PCR)、核酸測序等現(xiàn)代生物學分子生物學技術(shù)的迅速發(fā)展,人們對土壤微生物多樣性有了更多的了解;高通量測序技術(shù)的發(fā)展則為研究土壤宏基因組提供了大量數(shù)據(jù),為直接探究土壤中的微生物群落結(jié)構(gòu)提供了客觀而全面的信息。
1、土壤微生物檢測微生物平板培養(yǎng)法
傳統(tǒng)的土壤生態(tài)系統(tǒng)中微生物群落多樣性及結(jié)構(gòu)分析大多是將微生物進行分離培養(yǎng),然后通過一般的生物化學性狀,或者特定的表現(xiàn)型來分析,局限于從固體培養(yǎng)基上分離微生物。這種方法只限于極少量(0.1%-1%)可以培養(yǎng)的微生物類群,無法對絕大多數(shù)微生物的分類地位和系統(tǒng)發(fā)育關(guān)系的深入研究。
2、分子生物學技術(shù)結(jié)合測序的方法
在過去的20多年里,分子生物學技術(shù),尤其16SrDNA技術(shù)已經(jīng)廣泛應用于鑒定未知菌的研究中。20世紀80年代以來, 逐步建立起了以分子系統(tǒng)發(fā)育分析為基礎的現(xiàn)代微生物分子生態(tài)學的研究方法,使得研究者能夠在分子水平上對土壤微生物多樣性進行研究。其中運用比較廣泛并被普遍認可的是PCR-DGGE/TGGE法。DGGE/TGGE 的局限性在于,檢測的DNA片段長度范圍以200bp ~900bp為佳,超出此范圍的片段難以檢測[4],PCR 擴增所需G/C 堿基對含量至少達40 % ,通常只能檢測到環(huán)境中優(yōu)勢菌群的存在,只有占整個群落細菌數(shù)量約1%或以上的類群能夠通過DGGE檢測到[5]。TGGE 儀器所允許的溫度范圍為15 ℃~80 ℃,較大片段DNA 的Tm 值因為接近80 ℃而使檢測難度提高;若電泳條件不適宜,不能*保證將有序列差異的DNA片段分開,從而出現(xiàn)序列不同的DNA 遷移在同一位置的現(xiàn)象。
3、高通量測序方法
研究表明,400~600堿基的序列,足以對環(huán)境中微生物的多樣性和種群分類進行初步的估計[8],因此454高通量測序的方法因其讀長(400~500bp)長和準確性高的特點大量用于微生物多樣性的研究。有了微生物16S rDNA序列,不論是全長還是部分,都可以提交到GenBank采用BLAST程序與已知序列進行相似性分析。Gen Bank將按照與測得序列的相似性高低列出已知序列名單、相似性程度以及這些序列相對應的微生物種類,但更為的微生物分類還取決于系統(tǒng)發(fā)育分析高通量測序的*性體現(xiàn)在:測序序列長,可以覆蓋16S /18S rDNA、ITS等高變區(qū)域; 測序通量高,可以檢測到環(huán)境樣品中的痕量微生物;實驗操作簡單、結(jié)果穩(wěn)定,可重復性強;無需進行復雜的文庫構(gòu)建,微生物DNA擴增產(chǎn)物可以直接進行測序,實驗周期短;測序數(shù)據(jù)便于進行生物信息分析。該方法得到*期刊的認可(Nature等),已成為土壤微生物多樣性檢測的重要手段。上海美吉生物公司已有若干成功案例,為客戶提供的土壤樣本進行高通量測序并進行生物信息學分析。高通量測序因其數(shù)據(jù)量大,操作過程簡單,盡可能避免了繁瑣的實驗操作過程所造成的樣本損失,能夠相對客觀的反應出土壤樣本的真實情況。
產(chǎn)品中心
Products
-
危險廢物鑒定
-
環(huán)境檢測和監(jiān)測
-
公共衛(wèi)生檢測
-
土壤檢測
-
消毒產(chǎn)品(衛(wèi)生用品)檢測
-
化妝品類檢測
-
成分分析檢測
-
食品、農(nóng)產(chǎn)品、飲料及食品級接觸材料檢測
-
空氣凈化器檢測
-
凈水器檢測
-
塑膠跑道檢測
-
涂料油漆檢測
-
危險化學品鑒定
-
可再生資源檢測
-
材料性能分析
-
化學品檢測
-
油品品質(zhì)檢測
-
玩具紡織品及皮革等有害化學物質(zhì)檢測
-
環(huán)境可靠性試驗
-
農(nóng)殘、獸(藥)殘檢測
-
可靠性檢測
-
科研服務
-
二噁英檢測
-
有毒有害物質(zhì)檢測
-
毒理實驗
-
化學分析
-
病毒滅殺試驗
-
潔凈度檢測
-
碳排放
-
第三方驗貨
-
紙制品檢測
-
醫(yī)療器械檢測
-
3Q驗證
-
專項檢測
-
射頻電磁場檢測
-
除垢劑檢測
-
建筑材料
-
軍團菌檢測
-
銅離子加速鹽霧試驗
-
快速溫變試驗
-
拉伸試驗檢測
-
溫濕交變試驗
-
美妝消毒
-
膠粘劑
-
新能源檢測
-
運動場地
-
質(zhì)量鑒定
-
潔凈室